До присоединения Сибири к Российскому государству Абалак был татарским селением, название которого, предположительно произошло от имени татарского князя Абалака — сына сибирского хана Мара. При покорении Сибири Ермаком Абалак стал местом решающих сражений. В 1585 году отряд Ермака одержал победу под Абалаком над превосходящим его во много раз татарским войском. В краткой Сибирской (Кунгурской) летописи сообщается о явлении Святителя Николая Ермаку вскоре после битвы под Абалаком, в котором он возвестил, что этому месту суждено стать "жилищем Бога". В летописных источниках можно обнаружить упоминания о чудесных знамениях, неоднократно предвосхищавших появление на этом месте монастыря.

В XVII веке в Абалаке поселяются русские. Со временем это место становится русским селом. В 1636 году в Абалаке жила бедная одинокая вдова по имени Мария. Ей неоднократно являлись знамения, в которых говорилось о том, что она должна поведать жителям Абалака о необходимости строительства церкви во имя иконы "Знамения" Пресвятой Богородицы, что в древнем Новгороде, с пределами — по одну сторону святителя Николая, а по другую преподобной Марии Египетской. Архиепископ тобольский Нектарий дал благословение на строительство церкви, в котором принимало участие много народу жившего в Абалаке и в Тобольске. В это же время к расслабленному крестьянину Евфимию приходит нищий Павел, и говорит: "Евфимий! В Абалаке строиться церковь по велению Божию, во имя "Знамения" Богородицы, Святителя Николая и Марии Египетской. Дай обещание написать храмовый образ в эту церковь. Может быть Господь, по вере твоей и усердию простит тебя и освободит от болезни". После получения благословения архиепископа Нектария, образ был заказан Евфимием протодиакону тобольского Софийского собора Матфею, который в то время был одним из самых искусных тобольских иконописцев. Когда икона была написана, Евфимий получил чудесное исцеление, и сам понес написанный образ в собор для освещения. С тех пор жители Абалака и паломники неоднократно становились свидетелями исцеления тяжелобольных при помощи иконы Абалакской Божией Матери. Летом 1665 года в окрестностях Тобольска шли проливные дожди, грозившие стать причиной неурожая и голода. Тобольский архиепископ Корнилий послал священный собор в село Абалакское, откуда крестным ходом с 7 по 8 июня Чудотворная Икона была принесена в Тобольск. После состоявшегося молебна облака рассеялись и дождь прекратился. С тех пор, каждый год Чудотворная Икона Божией Матери приносится в Тобольск из Абалака в дни с 8 по 20 июня.

После того, как в 1680 году деревянный храм в Абалаке сгорел, была заложена каменная соборная церковь "Знамения" Пресвятой Богородицы, строительство которой было завершено в 1691 году. В 1748-50 годах рядом со Знаменской церковью был возведен зимний храм Святителя Николая Чудотворца, а в 1752-90 годах построена колокольня с храмом преподобной Марии Египетской. В 1783 году возник Абалакский монастырь. Основанием к учреждению в Абалаке монастыря послужила Икона Божией Матери и идущие от нее чудотворения. На протяжении всей своей истории Абалакский монастырь являлся одним из важнейших духовных центров Сибири, привлекавшим к себе паломников из самых разных уголков России. В 1924 году после прихода советской власти обитель была ликвидирована. Лишь в конце 80-х годов ХХ века началось возрождение Абалакского монастыря, необъяснимая духовная сила которого в сочетании с удивительным природным ландшафтом его окружающим, продолжает притягивать к себе многих людей, исполненных духовной жажды.